Еще в XIX веке при игумении Марии (Давыдовой) в Богоявленско-Анастасиином монастыре существовало училище для девочек из бедных семей. В 1993 году настало время возродить эту добрую традицию заботы о детях. Вновь созданный приют для маленьких сирот и детей, брошенных родителями, - первое подобное учреждение в новейшей истории Русской Православной Церкви - открылся в помещении построенного на монастырской территории бывшего детского сада. Первыми его подопечными стали 10 девочек в возрасте от 4 до 12 лет, поступившие в обитель из учреждений социальной опеки. Здоровье многих из них было ослаблено, у некоторых имелись психические отклонения и функциональные нарушения психики.
      С самого начала существования приюта его жизнь проходила в строго церковном духе: по мере своих сил девочки участвовали в молитве, богослужениях и монастырских работах, исповедовались и причащались Святых Христовых Таин, наиболее способные пели на клиросе. Одновременно с этим в содружестве со светскими педагогами было организовано их обучение общеобразовательным предметам, которое проводили как посещавшие монастырь школьные учителя, так и сестры, имеющие педагогическое образование и необходимый опыт. Результат не замедлил сказаться: дети стали спокойнее, добрее, трудолюбивее, у многих из них проявились способности к различным видам творчества.
      Сейчас в приюте оборудованы пять специализированных классов, где девочки, кроме общеобразовательных школьных дисциплин, изучают основы домоводства, кулинарии, обучаются шитью, вязанию, рисованию, художественной вышивке; некоторые даже пробуют свои силы в написании икон. Хор, составленный из подопечных приюта, поет не только за вседневными, но и за торжественными архиерейскими богослужениями в Богоявленско-Анастасиином кафедральном соборе.
      По представлению Российского детского фонда 19 октября 1998 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II наградил приют имени святого праведного Иоанна Кронштадтского орденом святого благоверного царевича Димитрия, Московского и Угличского чудотворца.